Die römisch-katholische Pfarrkirche St. Nikola an der Donau steht erhöht auf einem vorgeschobenen Fels an der Donau in der Marktgemeinde St. Nikola an der Donau im Bezirk Perg in Oberösterreich. Die dem Patrozinium hl. Nikolaus von Myra unterstellte Pfarrkirche gehört zum Dekanat Grein in der Diözese Linz. Die Kirche steht unter Denkmalschutz.

Der Legende nach soll die St. Nikolaus Kirche von einer hochgestellten Persönlichkeit, einem Reichtsgrafen, der auf der Donau bei Inzell mit einem Wasserfahrzeug (Plätte oder Zille) in Lebensgefahr geraten war und von der Inzeller Bevölkerung gerettet wurde, gestiftet worden sein. Dr. Benno Ulm erwähnt sie als "Romanische Landkirche" neben 6 weiteren an der Donau noch bestehenden Kirchen und datiert sie auf das Jahr 1155. Der heutige Bau zeigt jedoch noch einzelne frühgotische Reste, die eine gemauerte Kapelle in der Mitte des 13. Jh. vermuten lassen. Die erste St. Nikolauskapelle dürfte aber viel weiter zurückreichen. Nach Annahme der Forscher wurde sie als Missionskapelle der St. Stephanskirche zu Hartkirchen von Passau oder Kremsmünster aus schon in frühester Zeit gegründet.

Die Kirche gehörte bis zur Gründung der Diözese Linz 1784 zum Bistum Passau. Im Jahre 1791 sollte sie auf Regierungsbeschluss gesperrt werden. Pfarrer Schreiner erwirkte jedoch die Rücknahme der Kirchensperre. 1791 wurde die Kirche von der Diözese Linz der Gemeinde Haibach ob der Donau übergeben, da sich der damalige Pfarrer Silvester Meyer weigerte, diese zu übernehmen.
Die Kirche St.Nikola ist dem Hl. Nikolaus, dem Schutzpatron der Schiffsleute, geweiht.