Das Untere Trauntal zwischen Gmunden und Wels ist als Vogelschutzgebiet von europaweiter Bedeutung ausgewiesen. Der Fluss selbst, die Auwälder entlang seiner Ufer und die daran anschließende Kulturlandschaft sind Brutgebiete und Lebensräume zahlreicher mittlerweile selten gewordener Arten.

Das Europaschutzgebiet wird in 3 Teilgebiete unterteilt:
Das Teilgebiet Traunschlucht umfasst den Abschnitt des Trauntals zwischen Gmunden und Stadl-Paura, das Teilgebiet Lambach-Wels liegt flussabwärts von Lambach bis Wels und das Teilgebiet Schacherteiche umfasst die gleichnamigen Teiche und deren Umfeld in Kremsmünster und Sipbachzell. Weiters gehören die Naturschutzgebiete „Almauen“, „Fischlhamerau“ und das NSG „Kuhschellenrasen“ in Gunskirchen zu diesem Europaschutzgebiet.

Arten (Tiere, Pflanzen) und Lebensräume (Schutzgüter)

Tierarten:
Charakteristische Schutzgüter sind Vogelarten der Gewässer und Wälder wie Schellente, Gänsesäger, Fischadler, Wespenbussard, Flussuferläufer, Schwarzspecht, Eisvogel, Uhu, Schwarzmilan und Rohrweihe. Auch zahlreiche Amphibienarten wie z. B. Alpenkammmolch und Gelbbauchunke.