Die Kapuzinerkirche (ehemalige Pfarrkirche Linz-St. Matthias) steht in der Linzer Innenstadt in Oberösterreich.
Erzherzog Matthias wies den Kapuzinern 1606 ein Grundstück für die Errichtung eines Klosters zu. Zentrales Anliegen war die katholische Erneuerung von Linz als dem Zentrum der protestantischen Landstände. Vom Standort Linz aus gingen die Kapuziner nach Wien und Prag.
Die Pläne für den Bau der Kapuzinerkirche erstellte Baumeister Christoph Martin Spaz. Kirchenpatron wurde der hl. Apostel Matthias, der Namenspatron des Stifters. Bereits wenige Jahrzehnte später erfolgte ein Neubau, den Johann Peisser von Wartenau, Bürgermeister von Linz, finanzierte. 1662 wurde die Kirche geweiht.
1784 wurde die Klosterkirche zur Pfarrkirche. Das Kloster blieb bis zur Aufl ösung der Provinz im Jahr 1991 bestehen.
In der linken Seitenkapelle hängt ein Altarbild des Gekreuzigten von Joachim Sandrat aus der Zeit des Kirchenbaus. Unmittelbar hinter dem Schmiedeeisengitter, das den Vorraum vom Kirchenraum trennt, führt ein Abgang in die Kapuzinergruft. In zwei Räumen sind Kapuzinerpatres und Mitglieder der Familie Starhemberg bestattet.
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